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第二个阶段,是20世纪50年代末至60年代初。这一阶段海洋科研队伍基本成型,并真正开始了海洋调查。出现了以海带养殖为代表的第一次海水养殖浪潮、海带自然光育苗法、海带59-1新品种等新成果。1956年第一批海洋地质专家入住青岛,毛汉礼填充了水文研究的空白,赫崇本、唐世凤建立了物理海洋学科,方宗熙、李嘉泳等充实了海洋生物学。1957年,中国拥有了第一条改装的海洋调查船“金星号”,随即,中科院水生生物研究所青岛海洋生物研究室扩建成为新中国第一个综合性研究所中科院海洋研究所,山东大学的几个系也组成了山东海洋学院,国家海洋局一所从天津搬到了青岛。这一阶段最有特色的当属1958~1960年,国家科委成立以青岛科学家为主的海洋组,统一组织完成了我国有史以来第一次全国范围的海洋普查。